• Читателям
  • Авторам
  • Партнерам
  • Студентам
  • Библиотекам
  • Рекламодателям
  • Контакты
  • Язык: English version
1340

Свободный дух биоинформатики

Темп развития, набранный молекулярной биологией, не может не поражать. Рутинным делом стала расшифровка ДНК: современное оборудование для высокопроизводительного секвенирования позволяет полностью определить нуклеотидные последовательности генома человека всего за один день и 1 тыс. долларов! Сейчас в распоряжении исследователей уже находятся большие базы данных, и каждый день генерируются все новые и новые гигабайты биологической информации. Адекватно оперировать столь гигантскими объемами данных невозможно без автоматизированных средств анализа.

Специалисты Новосибирского центра информационных технологий «Унипро» в течение последних лет успешно развивают биоинформационный проект UGENE, объединивший «под одной крышей» все популярные инструменты для работы с молекулярно-генетической информацией. UGENE, распространяющийся бесплатно и со свободным кодом, получает все большее признание среди молекулярных биологов не только в нашей стране, но и за рубежом

В биоинформатике можно выделить три основных направления: анализ и статистическая обработка биологических данных, разработка алгоритмов анализа и создание специализированных программных средств. Первые два направления по большей части относятся к исследовательской деятельности и получению значимых научных результатов. Последнее же очень близко по духу к традиционной разработке программного обеспечения, с которой имеют дело IT-компании.

В зарубежной практике принято, что научные лаборатории нанимают специалистов или даже содержат целые отделы по обработке биологических данных и созданию программно-аппаратного обеспечения, однако в нашей стране ученые часто самостоятельно осваивают или даже разрабатывают нужные им программные средства. И такой переход от традиционных «пробирок» к высокопроизводительным вычислениям не дается легко. У исследователей могут возникать сложности при использовании разнородных комплектов программного обеспечения, которые могут работать с несовместимыми форматами данных и только на непривычных операционных системах. Возникают проблемы и с редактированием огромных файлов, с поиском и установкой программ, часто представляющих собой файлы с исходным кодом, который нужно сначала скомпилировать и настроить, а также с решением других компьютерных задач, которыми не должен заниматься биолог.

Молодежная биоинформационная команда, работающая над проектом  UGENE

В этой связи в 2003 г. Новосибирский центр информационных технологий «Унипро» решил приложить свой опыт программных разработок в бурно развивающейся области оцифрованной биологии. Тогда же были налажены первые научные контакты, результатом которых стало первое биоинформационное приложение, разработанное новичком компании, выпускником физфака НГУ М. Фурсовым.

В течение последующего десятилетия компания разрабатывала специализированные биоинформационные приложения и расширяла круг потребителей и разработчиков своих программных продуктов.

Основным наукоемким проектом «Унипро» стал UGENE, появившийся в июне 2008 г. И хотя на старте этого...

comments powered by HyperComments