• Авторам
  • Партнерам
  • Студентам
  • Библиотекам
  • Рекламодателям
  • Контакты
  • Язык: English version
414
Эволюция наперегонки: как врачу победить в войне между бактериями и бактериофагами
Биология
Модель бактериофага Т4 с атомным разрешением

Эволюция наперегонки: как врачу победить в войне между бактериями и бактериофагами

Вирусы-бактериофаги в природе постоянно эволюционируют, чтобы преодолевать защиту бактерий, которые, в свою очередь, вырабатывают новые механизмы устойчивости. В случае фаготерапии такая «гонка вооружений» продолжается прямо внутри организма больного. Ученые моделируют эти эволюционные процессы, чтобы найти оптимальную лечебную стратегию 

Одна из серьезных проблем современной медицины – широкое распространение бактерий со множественной устойчивостью к антибиотикам. В результате медики вынуждены возвращаться к методам, которые долгое время оставались на периферии. Один из них – использование бактериофагов, вирусов, являющихся естественными врагами бактерий и одними из самых распространенных организмов на планете.

Основатель фаготерапии Феликс д’Эрелль в лаборатории Института Пастера (Париж). © Institut Pasteur – Musée Pasteur

Бактериофаги («пожиратели бактерий»), впервые использованные для лечения человека во Франции в 1919 г., довольно широко применялись на практике до наступления эры антибиотиков. Их десятилетиями успешно использовали в СССР, в том числе и в то время, когда в остальном мире к ним относились настороженно. Ситуация начала меняться не так давно, и толчком к этому послужили случаи спасения пациентов, зараженных опасными для жизни мультирезистентными бактериями.

Несмотря на перспективность фаготерапии, у нее есть большая проблема. Большинство бактериофагов строго специфичны и атакуют лишь один определенный вид или даже штамм микроорганизмов. С одной стороны, это защищает полезную микробиоту человека, с другой – делает невозможным создание универсального препарата. Высокая специфичность фагов требует индивидуального подбора для каждого пациента, что осложняет массовое производство и проведение стандартных клинических испытаний. По сути, речь идет о сложной форме персонализированной медицины.

Фаги, назначаемые пациенту, необходимо предварительно протестировать на литическую активность – способность эффективно уничтожать бактерии из конкретного очага инфекции. Ситуация осложняется тем, что бактерии быстро эволюционируют и приобретают устойчивость не только к химическим препаратам, но и к фагам.

Вирусные частицы бактериофага Gamma, специфически поражающего возбудителя сибирской язвы Bacillus anthracis. Фаг был выделен из природного источника и сохранен для исследований французским микробиологом Ф. д’Эрелем. Просвечивающая электронная микроскопия. © CC BY 2.5/Photograph courtesy of Vincent Fischetti and Raymond Schuch, The Rockefeller University

Развитие резистентности бактерий к сложному коктейлю фагов – сложный, динамичный процесс, в котором конкурирующие штаммы сменяют друг друга, приобретая сразу несколько защитных механизмов. В результате трудно точно определить, почему конкретный курс терапии оказался успешным или неудачным и как именно нужно менять состав фаговых коктейлей, чтобы результат оказался успешным.

Эффективность фаготерапии может складываться из нескольких механизмов, которые часто работают одновременно. В самом простом случае фаги полностью ликвидируют бактериальную популяцию, но из-за стремительной эволюции резистентности бактерий такой сценарий в чистом виде маловероятен. Чаще вирусы только снижают концентрацию патогенов, позволяя иммунной системе хозяина «добить» их.

Кроме того, бактерии, защищаясь от фагов, вынужденно мутируют и могут вернуть чувствительность к антибиотикам либо стать более уязвимыми для иммунных клеток нейтрофилов. Так как защита часто отнимает у бактерий слишком много ресурсов, их жизнеспособность падает, а скорость размножения снижается настолько, что иммунная система больного успевает их ликвидировать. Но невозможно определить, какой именно из этих механизмов или их комбинаций привел к излечению в конкретном случае, если опираться исключительно на данные клинических наблюдений.

Чтобы детально изучить эти скрытые процессы, международная группа исследователей, в которую вошли специалисты из Утрехтского университета (Нидерланды), Института Санта-Фе, Калифорнийского университета в Сан-Диего и Лос-Аламосской национальной лаборатории (США), разработала новую математическую модель. Она призвана описать динамику фаготерапии у человека и оптимизировать состав фагосодержащих коктейлей.

За основу ученые взяли уже существующую математическую модель, ранее откалиброванную на основе результатов экспериментов на мышах. Ученые адаптировали параметры модели под организм человека и расширили ее возможности. Теперь система способна учитывать одновременное взаимодействие множества видов бактериофагов и множества штаммов бактерий, каждый из которых обладает разным уровнем устойчивости к конкретным фагам.

С помощью этого инструмента исследователи изучили реальный клинический случай успешного лечения пациента с помощью нескольких фаговых коктейлей из различных комбинаций фагов.

Как показало моделирование, фаготерапия может запустить опасный динамический процесс. Дело в том, что чем агрессивнее бактериофаги уничтожают чувствительные к ним бактерии, тем быстрее освобождается пространство для размножения устойчивых штаммов. Избавляясь от конкуренции со стороны доминирующей популяции чувствительных микроорганизмов, резистентные бактерии начинают стремительно размножаться и мутировать, чтобы избежать заражения фагами.

На основе полученных данных исследователи сформулировали ключевое правило: успех фаготерапии критически зависит от трех факторов: уровня резистентности бактерий до начала терапии, разнообразия фагового коктейля и времени его введения. Моделирование дало и метод для прогнозирования – теперь можно математически рассчитать оптимальное разнообразие фагов в коктейлях и наиболее точное время их введения для каждого конкретного случая.

Как выяснилось, эффективнее всего наносить мощный и ранний удар. Использование максимально разнообразного набора фагов с самого начала лечения позволяет подавить защиту бактерий, полностью блокируя развитие устойчивости к антибиотикам.

Кстати, этот подход аналогичен успешному методу борьбы с ВИЧ-инфекцией. В антиретровирусной терапии врачи также комбинируют несколько разных препаратов, чтобы нанести вирусу мощный удар на самых ранних этапах инфицирования. Для защиты от такого «коктейля» ВИЧ требуется приобрести сразу несколько независимых мутаций, обеспечивающих лекарственную устойчивость, что практически невозможно. По-видимому, стратегия «мощного и раннего удара» достаточно универсальна и применима к любому виду патогена, способному быстро адаптироваться к внешнему воздействию.

Фото: https://en.wikipedia.org

Публикации по теме:

Вирусы и бактерии – великое противостояние

Бактериофаги – враги наших врагов

Бактериофаги: 100 лет на службе человечеству

Под знаком бактериофага: Париж – Тбилиси

Понравилось? Поделись с друзьями!

Подпишись на еженедельную e-mail рассылку!